En un extraño cambio, fue Marshall, un federalista, quien abogó por una interpretación extremadamente estricta y restrictiva de la traición, cuando los republicanos jeffersonianos efectivamente exigieron la cabeza de Burr en una pica y simplemente impusieron un estándar más alto.

Años antes, fueron los jeffersonianos quienes se opusieron al uso liberal de los estatutos de traición para enjuiciar a los organizadores de las rebeliones de Whiskey and Fries. Sin embargo, fue un juez federalista quien argumentó que trazar cometer traición (que nadie realmente discutió que Burr había hecho) era diferente de cometerla realmente. “La conspiración no es traición”, explicó Marshall. En la medida en que Burr pudo haber conspirado y planeado, tales acciones, que ocurrieron antes de la «reunión real» de las tropas, no cumplieron con el estándar legal. (No importa que Burr tenía reunió una fuerza de unos 60 hombres y los trasladó a Nueva Orleans). Finalmente, obligado por la interpretación legal de Marshall, el jurado absolvió a Burr.

Los republicanos estaban furiosos y acusaron a Marshall de ser el autor de un «Tratado sobre la mejor manera de cometer traición sin detección ni castigo», mientras que el propio Jefferson despotricaba contra «el error original de los fundadores de establecer un sistema judicial independiente de la nación». Pero en una nación dividida, y en medio de desacuerdos sobre qué leyes había violado Burr, si es que hubo alguna, la absolución cerró la puerta a un capítulo verdaderamente extraño en la historia estadounidense. Deshonrado una vez más, Burr huyó a Inglaterra, solo para regresar a los Estados Unidos años después, donde vivió sus últimos años en la oscuridad.

Incluso por John Marshall estricto, no cabía duda de que Jefferson Davis, exsenador y secretario de Guerra de los Estados Unidos, había cometido traición a su país. Él era, después de todo, el presidente de la Confederación y responsable de una guerra civil que finalmente se cobró la vida de 750.000 personas.

¿O era tan simple?

Inmediatamente después del asesinato de Abraham Lincoln, Davis era un hombre buscado. El nuevo presidente Andrew Johnson emitió una proclamación declarando que el ataque a Lincoln, así como al secretario de Estado William Seward, fue «incitado, concertado y procurado por y entre Jefferson Davis, fuego de Richmond, Virginia» y «otros rebeldes y traidores contra el gobierno de los Estados Unidos. Johnson ordenó el arresto de Davis y colocó una recompensa de $ 100,000 por su (aproximadamente igual a $2 millones en dinero de hoy). El 10 de mayo de 1865, el expresidente rebelde fue capturado por tropas federales y recluido en una celda de prisión en Fort Monroe, Virginia, mientras los funcionarios del gobierno debatían si juzgarlo en un tribunal militar o civil.